В 1942 году после окончания средней школы Зарифа Алиева поступила на лечебно-профилактический факультет Азербайджанского государственного медицинского института, который окончила в 1947 году. Затем она прошла курс специализации по офтальмологии в Центральном институте усовершенствования врачей в Москве.

В те годы в Азербайджане была широко распространена такая глазная болезнь как трахома. Эффективные методы лечения этой инфекции не были разработаны, и борьба с этим заболеванием имела важное значение не только для офтальмологии, но и для здравоохранения республики в целом.

Зарифа Алиева принимала активное участие в организации и проведении лечебных и профилактических мероприятий по борьбе с трахомой. Помимо конкретной лечебной практики, она выезжала в те районы Азербайджана, где наблюдалась высокая заболеваемость, читала лекции врачам-офтальмологам, проводила многочисленные беседы с населением.

Тема первых научных изысканий Зарифы Алиевой была продиктована самой жизнью. Свою исследовательскую работу она посвятила вопросам, связанным с лечением трахомы, а именно - изучению возможностей эффективного использования при ее лечении нового в то время антибиотика - синтомицина, обладающего не только широкой антибактериальной, но и антихламидийной активностью.

В 1960-1967 годах Зарифа Алиева работала старшим научным сотрудником института офтальмологии. В 1963-м Высшая аттестационная комиссия СССР присвоила ей звание старшего научного сотрудника по специальности "Офтальмология".

В 1967 году Зарифа Алиева была приглашена на должность доцента кафедры глазных болезней Азербайджанского государственного института усовершенствования врачей Министерства здравоохранения, который носил имя ее отца - профессора Азиза Алиева, руководившего последние годы своей жизни этим учреждением.

Вопросами профессиональной патологии органа зрения Зарифа Алиева начала целенаправленно заниматься с 1968 года. В 1977-м ей была присуждена ученая степень доктора медицинских наук.

Позднее, в 1979 году, в Институте физиологии имени А.И.Гараева Академии наук Азербайджана по предложению Зарифы Алиевой была создана специализированная научно-исследовательская лаборатория по изучению физиологии и профессиональной патологии органа зрения, в которой был успешно проведен целый ряд глубоких исследований по изучению физиологических, клинических, функциональных, гистологических механизмов воздействия на орган зрения производственных вредностей малой интенсивности.

Основными направлениями ее научной деятельности в области офтальмологии были физиология органа зрения и профилактика, диагностика и лечение глазных патологий, появившиеся под влиянием профессиональных заболеваний, состояние органа зрения у работников некоторых предприятий химической промышленности, герпетическая болезнь глаза, острые вирусные конъюнктивиты, анатомо-физиологическая характеристика гидродинамической системы глаза, современные методы хирургического лечения слезотечения, глазные болезни при диабете, терапевтическая офтальмология, основы иридодиагностики, проблемы глаукомы и др.

По результатам научных изысканий она опубликовала ряд монографий, в частности, "Профессиональная патология глаз в шинном производстве", "Офтальмология при хронической йодной интоксикации" и "Профилактика профессиональных заболеваний глаз в йодной промышленности", которые нашли общемировое признание.

Через год после защиты докторской диссертации она избирается профессором кафедры офтальмологии Азербайджанского государственного института усовершенствования врачей имени А.Алиева, а в 1983 году становится заведующей кафедрой офтальмологии.

Зарифа Алиева - автор около 150 научных трудов, 12 монографий, учебников и учебных пособий, одного изобретения и соавтор 12 рационализаторских предложений, научным руководителем сотни докторов наук и философии. Академик принимала участие в ряде международных конгрессов и симпозиумов. По инициативе Зарифы Алиевой впервые в Баку на высоком уровне был проведен пленум правления Всесоюзного общества офтальмологов (1977). Академик вела большую общественную работу, являясь членом Комитета защиты мира СССР, заместителем председателя Азербайджанского комитета защиты мира, членом правления общества "Знание" и президиума научного общества офтальмологов СССР, входила в редакционную коллегию журнала "Вестник офтальмологии" (Москва).

В 1981 году за цикл научных исследований в области профессиональной патологии органа зрения, внесших большой вклад в развитие офтальмологии, профессор Зарифа Алиева была удостоена высшей награды в области офтальмологии - премии Академии медицинских наук СССР имени академика М.И.Авербаха. Примечательно и то, что она была первой женщиной-ученым, удостоенной столь высокой награды.

Также Зарифа Алиева удостоена почетного звания заслуженного деятеля науки (1982), награждена орденом Трудового Красного Знамени (1982).

Национальный центр офтальмологии Министерства здравоохранения АР носит имя академика Зарифы Алиевой. Имя ученого также присвоено одной из центральных улиц города Баку.

Зарифа Алиева была женой великого лидера азербайджанского народа Гейдара Алиева, она мать Президента Ильхама Алиева.

Зарифа Алиева скончалась 15 апреля 1985 года в Москве, а затем, в 1994 году, ее тело было перевезено в Баку и захоронено на Аллее почетного захоронения.